Эта деревня расположена на юго-западе Большой Москвы на расстоянии двадцати четырёх км от кольцевой автомагистрали.
Соседние населённые пункты имеют большой разброс заселённости. В радиусе 7-ти километров от деревни располагаются село Былово, деревни: Терехово, Шахово, Городок, Юрово, Варварино, Поляны. Самый близкий к деревне населённый пункт - дер. Поляны. Наиболее густонаселённым среди перечисленных считается с. Былово (зарегистрировано 357 жителей).
До недавнего времени деревня была частью Подольского района, административным центром которого является город Подольск, находящийся в 20,5 километрах к востоку от деревни Малыгино.
C 01.07.2012 г. деревня Малыгино принята в территорию Новомосковского АО. Оценивая такую ситуацию, несложно предвидеть довольно активное расширение городской стуктуры и удорожание домовладений в данном новообразовании и усиление административного контроля в адрес собственников недвижимости.
Неподалёку от деревни соседствуют участки СНТ «N 11 Черемушка», «Красная Пахра», «Некоммерческая организация», «Южное 2», «Белготой», «Черемуха», «Желетовка», «Жемчужина», «Малые поляны», «Пахра», «Центр технического обслуживания совета ВКП», «Шалово». Среди них по ценности земель всех обгоняет ДСК «Белготой» ( вблизи с. Былово ). В свою очередь, более дешёвыми предложениями можно поинтересоваться в СТ «Черемуха» ( что вблизи дер. Малыгино ).
В округе деревни Малыгино размещено достаточно большое число (около 6 % для этого шоссе) коттеджных посёлков элит и бизнес-класса. На сегодня Калужское шоссе на подобном радиусе от МКАД демонстрирует 31 - коттеджных посёлков. Перспективное окружение обусловлено коттеджными комплексами со всеми удобствами: «Былово», «ВИПушки».
Недалеко от деревни (в четырёх километрах) пролегает Калужская дорога. Также самая близкая к деревне магистраль - A-107.
Добраться до деревни Малыгино можно по железной дороге Смоленского направления. До ближней ж/д станции Дровнино примерно восемь километров.
