Названная деревня расположена на западе региона на удалении в 45 километров от московской окружной дороги.
Ближайшие поселения имеют значительный разброс численности населения. С деревней соседствуют деревни: Синево, Рождествено, Матвейково, Лыщёво, Куртниково, Дьяково, Верхуртово. Самым близким к деревне поселением является дер. Дьяково. Самым крупным является опять таки дер. Дьяково.
Административным центром является город Истра, находящийся в 16,9 километрах юго-восточнее деревни Якунино.
В свою очередь, цены на недвижимость в деревне Якунино в 1,4 раза выше среднеобластного уровня для такой удалённости от Московской кольцевой автодороги. Предложения недвижимости в этой зоне более всего устраивает людей со средними доходами. По объёмам предложений загородной недвижимости Истринский район является одним из лидеров области.
Поблизости соседствуют дачи СТ «Лужок», «Калинка», «Сокол-1», «Каскад», «Одуванчик», «Солнечное», «Березки», «Синево», «Куртниково», «Мелба», «Верхуртово». Из них по стоимости земельных наделов выделяется СНТ «Каскад» ( рядом с дер. Синево ). Добавим, что самыми недорогими обладает СТ «Лужок» ( что рядом с дер. Якунино ).
В 15-километровой зоне от деревни Якунино находится лишь один коттеджный посёлок - „SmartVille Aqua“:
Поблизости с дер. Якунино протекают речка Раменка, реки Чёрная, Истра. Ближе других (около 300 м) располагается речка Раменка, а наиболее значимой из перечисленных является река Истра, которая располагается в 3.1 км от деревни. Река Чёрная проходит в 700 м от деревни.
Стоит добавить, что вблизи деревни Якунино существуют два водоёма, из которых один - водохранилище Истринское ( площадью приблизительно 10.8 кв.км) располагается в 2.4 км (юго-восточнее деревни, в направлении дер. Алехново). Другой водоём (несопоставимо мельче, без названия, габаритом примерно 5000 кв.м) располагается на территории деревни.
К дер. Якунино можно подъехать по трассе A-108 (Московское Большое Кольцо), проходящей в четырнадцати километрах. Также самые близкие к деревне трассы: Волоколамская, A-107, Новорижская.
